Poner un pie en el islote de Sancti Petri es hacer un viaje en el tiempo de tres mil años hasta la fundación de Gadir, la ciudad más antigua de occidente. Este fue el enclave escogido por los fenicios para construir un templo dedicado a Melkart, el rey dios de Tiro, el defensor de la ciudad fenicia, protector de navegantes y exploradores. En época de los romanos, el templo se adaptó al culto de Hércules, fundador de Gades.
El templo, que se convirtió con el tiempo en faro, fue destruido en el S. XII por Abú I Hasan buscando hacerse con los tesoros que, creía, había en su interior. En el siglo XIII, se construyó una torre de madera defensiva, sustituida por otra de sillería en época de Felipe II (XVI) y que se fue haciendo más grande a medida que el auge del puerto de Cádiz era proporcional a los ataques que recibía por los enemigos.
De su importancia como centro de culto dan buena cuenta los restos arqueológicos hallados en la zona. Multitud de piezas fueron descubiertas casi por casualidad en los años 80, durante un dragado en el Caño de Sancti Petri. De entre las piezas descubiertas destaca un Hércules de bronce, conservado en el Museo Provincial de Cádiz y cuya réplica puede visitarse en el Museo de Chiclana.